Struktur Organisasi UPT Puskesmas Pesantren I menggambarkan susunan kepemimpinan, pembagian tugas, serta koordinasi antar unit pelayanan dalam penyelenggaraan pelayanan kesehatan kepada masyarakat.

Struktur organisasi dipimpin oleh Kepala UPT Puskesmas Pesantren I, dr. Cicik Tri Juliani, yang membawahi empat klaster pelayanan utama dan satu lintas klaster, yaitu Klaster Manajemen, Klaster Kesehatan Ibu dan Anak, Klaster Kesehatan Dewasa dan Lansia, Klaster Penanggulangan Penyakit Menular & Kesling, serta Lintas Klaster.

Setiap klaster memiliki penanggung jawab dan unit layanan yang saling terintegrasi, meliputi manajemen puskesmas, pelayanan kesehatan ibu dan anak, pelayanan kesehatan dewasa dan lansia, kesehatan lingkungan, surveilans dan respons, pelayanan gigi dan mulut, UGD, kefarmasian, laboratorium, rehabilitasi medik dasar, serta penanggulangan krisis kesehatan.

Melalui struktur organisasi ini, UPT Puskesmas Pesantren I berkomitmen menghadirkan pelayanan kesehatan yang terkoordinasi, profesional, efektif, dan berorientasi pada kebutuhan masyarakat, sehingga setiap program dan layanan dapat berjalan secara optimal dan berkelanjutan.